黑色瘟疫之灾是DNF历史上最惨烈的灾难之一。在奥兹玛被封印于暗黑圣战后，其残余的混沌气息通过时空裂缝渗入阿拉德大陆，引发了席卷全域的瘟疫。病毒迅速摧毁了人类与精灵的聚落，无数城镇沦为死地，连号称不灭的暗精灵也未能幸免。赫顿玛尔因抵抗组织及时封锁而幸存，但东部沿海地区几乎十室九空。这段黑暗岁月成为冒险家们口中‘大崩溃’的开端。
瘟疫期间，各地涌现出众多英雄。最著名的便是‘悲鸣洞穴五勇士’——剑神阿甘左、圣职者欧贝斯、神枪手凯丽、鬼剑士西岚以及暗精灵刺客克伦特。他们深入悲鸣洞穴，迎战因感染而暴走的使徒希洛克。战斗中，阿甘左为掩护队友断后，以剑气斩裂洞穴，虽成功重创希洛克，但自己也力竭昏迷，被后人尊称为‘悲鸣之剑’。此役之后，冒险家公会正式成立，并开始系统研究如何对抗使徒与异次元威胁。
黑色瘟疫暴露了阿拉德联军的脆弱，也让隐藏的势力浮出水面。德洛斯帝国借机以‘净化瘟疫’为名扩张军备，秘密研究转移技术；贝尔玛尔公国则因损失惨重，被迫开放边境招募外部冒险家。与此同时，天界科技通过凯丽传入阿拉德，枪械与机械开始改变传统的战斗方式，鬼手患者的异常增幅也被重新审视。这些变化为后续的帝国与使徒战争埋下伏笔。
瘟疫平息后不足三年，第二次魔界盟会在魔界中央广场召开。此次会议由‘第二使徒’赫尔德发起，表面是为了调解使徒间的矛盾，实则暗中推动‘死亡与重生计划’。盟会期间，第四使徒卡西利亚斯与第八使徒罗特斯发生激战，罗特斯败退至天帷巨兽；第六使徒狄瑞吉则因排斥盟会决议，被驱逐至诺伊佩拉。冒险家们首次意识到，使徒并非单纯的天灾，而是可以被引导甚至利用的棋子。
第二次魔界盟会成为DNF剧情的分水岭。此后，使徒下落逐渐明晰，冒险家的行动不再局限于讨伐怪物，而是卷入使徒、帝国和神秘组织‘塔拉库沓’的三方博弈。赫尔德预言中的‘第十二使徒’——即冒险家自己——开始被各方势力关注。悲鸣洞穴的遗物、希洛克的残骸、以及瘟疫中异变的次元裂缝，都成为日后玩家前往新地区的线索，也奠定了‘地下城与勇士’从单纯横版格斗向宏大叙事转变的基础。
对老玩家而言，黑色瘟疫带来的不仅是剧情冲击，更催生了经典玩法：早期‘悲鸣洞穴’副本的极限挑战、瘟疫地区的特殊消耗品、以及为纪念阿甘左而设计的‘光剑精通’技能。这些元素至今仍被回顾活动复刻，成为连接新旧版本的记忆载体。